Eine gewaltige Flotte an Raumschiffen hat sich im Weltraum versammelt, um den Vormarsch der Metarex aufzuhalten. Doch obwohl die Metarex ihrerseits nur ein einziges Schiff schicken, scheint die gesamte Streitmacht trotzdem hoffnungslos unterlegen zu sein. Das Laserfeuer prallt wirkungslos von der Hülle ab, und in kürzester Zeit ist die Flotte vernichtet.

Ein Funkspruch von Dark Oak teilt dem 'Schiff des Bösen' seine neue Mission mit. "Vernichte die, die unsere Pläne stören: den blauen Igel und Dr. Eggman."

Cosmo erwacht aus einem schrecklichen Alptraum. Wie bereits einige Male zuvor hat sie vom Angriff der Metarex auf ihre Weltraumkolonie geträumt und von dem gewaltigen Kampfschiff, das die Kolonie damals vernichtet hat. Das gleiche Schiff, das selbst eine riesige Raumflotte nicht aufhalten konnte.

"Du also auch, Cosmo?" fragt sie Cream völlig unerwartet.

"Was?"

Cosmo blickt sich um. Alle haben ihre Augen geschlossen. Sie denken an Shadow, die ultimative Lebensform, die vor vielen Jahren von Eggman's Großvater Gerald Robotnik erschaffen wurde. Daher verbündete sich Shadow auch zuerst Eggman an und kämpfte gegen Sonic und die anderen mit all seiner zerstörerischen Kraft. Aber am Ende kämpfte er dann doch Seite an Seite mit Sonic und rettete so die Welt von Chris. Aber wie konnte er das nur überleben? Und was macht er jetzt auf einmal hier?

Auf der Egg Crimson betrachtet Shadow nachdenklich die Sterne und fragt sich, woher diese Wesen auf Obidon ihn wohl gekannt haben, denn Chris hat ihn vor seinem Verschwinden beim Namen genannt. Ob er ihnen schon zuvor einmal begegnet ist? Aber wo?

"Das war in der Menschenwelt," teilt ihm Decoe mit. "Ja, auf der Weltraumkolonie ARK," fügt Bocoe hinzu. "Erinnerst Du Dich nicht mehr?" Aber Shadow hat offensichtlich sein Gedächtnis verloren. Dieses Problem muss jedoch erst einmal warten, denn das 'Schiff des Bösen' hat sein erstes Ziel erreicht und beginnt sofort auf die Egg Crimson zu feuern.

Eggman aktiviert die Schutzschilde, doch ihm wird sofort klar, dass die Feuerkraft des Angreifers zu stark ist, um ihr für längere Zeit standzuhalten. Nur einer könnte das Schiff vielleicht noch retten. Und so geht Shadow nach draußen und startet eine Wirbelattacke gegen das 'Schiff des Bösen'. Doch selbst seine überlegenen Kräfte können die Hülle nicht durchdringen, und schließlich treibt er bewußtlos im Weltraum.

"Er hat bereits all seine Energie verbraucht, weil er sein Aufladegerät nicht hat," bemerkt Eggman. Er holt Shadow mittels Greifarm zurück an Bord.

Das 'Schiff des Bösen' feuert nun eine Salve Raketen auf die Egg Crimson ab. Eggman feuert mit all seinen Waffen zurück, was jedoch erneut keine Wirkung zeigt.

Während der Kampf noch tobt, verlässt ein kleiner Raumgleiter die Egg Crimson. An Bord ist Rouge, die es vorzieht, das Ende dieser Auseinandersetzung lieber aus sicherer Entfernung zu beobachten, denn der Sieger scheint bereits festzustehen. Auch Eggman hat dies erkannt und befielt den Rückzug. Bocoe startet die Triebwerke.

"Eine Rakete kommt genau auf uns zu!" ruft Bokkun plötzlich. Es folgt eine gewaltige Explosion, und die Egg Crimson ist verschwunden.

"Ich kenne ihn!" ruft Cosmo entsetzt, und Tränen laufen ihr die Wangen hinunter. "Er hat damals unsere Kolonie angegriffen!"

Doch wie soll man etwas besiegen, das selbst Shadow widerstehen konnte? Alle bis auf Amy sind daher der Meinung, es wäre besser sich erst einmal zurückzuziehen. Doch das 'Schiff des Bösen' hat sie bereits gefunden und beginnt sich zu nähern.

"Wir müssen sofort von hier weg!" ruft Cosmo. Amy traut ihren Ohren nicht. "Was, willst Du Dich denn nicht für den Tod Deiner Leute rächen, Deiner Familie und Freunde?" fragt sie aufgebracht.

"Doch, aber ich möchte euch nicht zu einem Kampf zwingen, der ein schlimmes Ende nehmen könnte."

"Unsinn," widerspricht ihr Sonic da. "Wir werden sowieso gegen diesen Metarex kämpfen müssen, also tun wir es besser gleich." Alle stimmen zu. Cosmo ist gerührt. Freunde, die so vorbehaltlos für jemand anderen einstehen, sind wirklich selten.

Das 'Schiff des Bösen' beginnt zu feuern, doch Tails dehnt den Schutzschild um die Taifun so weit aus, dass sie förmlich darin verschwindet und von außen nicht mehr sichtbar ist. Das 'Schiff des Bösen' muss auf gut Glück feuern, und wie geplant fliegen alle Raketen weit an der Taifun vorbei.

Plötzlich tauchen Trümmer im All auf, die jedoch mehr wie die Reste einer Entrümpelunksaktion anmuten: alte Möbel, Kisten und diverse Gebrauchsgegenstände. "Wenn ihr glaubt, mich mit so billigen Tricks hereinlegen zu können, dann habt ihr euch getäuscht," prahlt das 'Schiff des Bösen' selbstsicher und feuert unvermindert weiter, während die Trümmer an ihm vorbeitreiben.

Da öffnet sich einer der Schränke, und heraus fliegen Amy, Knuckles und Sonic mit Raketenrucksäcken. Schnell sammeln sie die anderen herumtreibenden Sachen und stopfen sie in die Abschuss-Öffnungen des Schiffes. Als das 'Schiff des Bösen' erneut feuert, kommt es zu einer Explosion.

Doch noch gibt sich das 'Schiff des Bösen' nicht geschlagen. Es geht auf Kollisionskurs mit der Taifun. Tails versucht sofort, außer Reichweite zu kommen, aber der Gegner ist zu schnell, und da Knuckles nicht an Bord ist, liefert der Master Emerald nicht genügend Energie. Der Zusammenstoß steht unmittelbar bevor.

Als schon niemand mehr an eine Rettung glaubt, taucht plötzlich wie aus dem Nichts Shadow auf und schlägt das Schiff zurück. Die Egg Crimson wurde gar nicht zerstört; Eggman hatte nur auf beiden Seiten die Hangartore geöffnet, damit die Rakete ohne zu zünden hindurchfliegen konnte, täuschte dann eine Explosion vor und machte sich anschließend im Schutz der Rauchwolke so schnell es ging aus dem Staub.

Sonic und Shadow hatten währenddessen dieselbe Idee, und beide rennen nun durch das Innere des Metarex-Schiffes, um den Maschinenraum zu zerstören und den Kampf ein für allemal zu entscheiden. "Diese Beute gehört mir, also komm mir nicht in die Quere!" fordert ihn Shadow auf. "Ich lasse Dich nicht allein gehen," antwortet Sonic entschlossen.

Shadow wird das Gefühl nicht los, den blauen Igel schon einmal zuvor getroffen zu haben.

"Wofür sollte ich mich entschuldigen?" antwortet das brennende Schiff. "Meine Mission ist es, Ordnung und Ruhe im Universum aufrecht zu erhalten. Ich folge nur den Befehlen meines Herrn, und nichts weiter!"

Die schlechten Nachrichten scheinen kein Ende zu nehmen. Eggman's Bordsysteme melden, dass das Metarex-Schiff die Selbstzerstörung ausgelöst hat, und es ist keine Zeit mehr, rechtzeitig zu entkommen. Als letzten Ausweg wendet Shadow 'Chaos Control' an und friert die Zeit um das 'Schiff des Bösen' für 90 Sekunden ein. Tails richtet die Hauptkanone der Taifun auf das Metarex-Schiff, Sonic geht wie üblich im Innern der Kanone in Position, startet eine Wirbelattacke, und Tails feuert ihn gerade noch rechtzeitig ab, um das 'Schiff des Bösen' endgültig zu vernichten.

Eggman fliegt davon und verfolgt weiter seine eigenen Ziele. Auch Rouge schließt sich ihm wieder an, nachdem nun ja keine Gefahr mehr besteht. Sonic blickt der Egg Crimson hinterher, wie sie langsam in der Weite des Alls verschwindet, und mit ihr auch Shadow.

Cosmo jedoch ist in Gedanken versunken. Das 'Schiff des Bösen' wurde endlich vernichtet, aber trotzdem kann sie sich nicht so recht freuen. Liegt es etwa daran, dass die, die man verloren hat, nie mehr zurückkommen, auch wenn der Feind besiegt wurde? Oder vielleicht...